Tiene planta de cruz latina, cubierta por bóvedas de cañón con lunetos, crucero con una cúpula de media naranja con linterna sobre una cornisa polilobulada, coro a los pies elevado sobre un arco carpanel y capillas laterales comunicadas entre sí.
Entre ellas sobresale la Capilla barroca de Jesús Rescatado. Está situada en el brazo derecho del crucero con orientación Este–Oeste. Se cree que se asienta en el solar de la ermita de S. Sebastián, siendo muy posible que coincida en su planta, ya que la ermita permaneció en pie bastante tiempo después de ser edificada la iglesia. Responde tanto en planta como en alzado, al estilo barroco español. Se accede mediante arco de medio punto y la planta es de cruz latina, cuya nave principal se divide en tres tramos cubiertos por bóveda de medio cañón con arcos fajones, que descansan sobre el entablamento decorado con ménsulas doradas, pareadas y elementos antropomorfos como caras entre hojarasca, sostenido todo por pilastras toscanas que dividen el muro, albergando pequeñas hornacinas ocluidas.
Posee una fachada flanqueada por pilastras toscanas gigantes, con paramento de ladrillo y granito dividiéndose en dos cuerpos: el inferior con arco tripartito de medio punto, siendo más elevado el central, y el superior con hornacina que alberga la imagen de S. Juan Bautista de la Concepción (obra realizada en 1994 por el escultor valdepeñero José Lillo Galiani), con vano que ilumina el coro y remate de frontón triangular con ojo de buey.
En el lateral derecho se eleva la espadaña con el cuerpo de campanas.
Al camarín, realizado en planta rectangular cubierta por una pequeña bóveda de cañón, se accede por unas escaleras situadas a ambos lados del presbiterio. Tiene ventana frente al arco que cobija la imagen y que ilumina el camarín, creando una ambientación con cierto carácter de fascinación.
Las pinturas murales, de buena calidad, son el complemento idóneo en la capilla para crear un espacio suntuoso y atractivo. Son de autor desconocido. En general la decoración responde a una decoración floral con guirnaldas, roleos, jarrones, hojarasca, cariátides, atlantes, ángeles etc. Decoración con trampantojo imitando cúpulas y realizados en las bóvedas de los brazos del crucero, que lo hacen uno de los más importantes de la pintura mural de Ciudad Real.
