Es el edificio de mayor dimensión de Huete y una de sus señas de identidad.
Su origen se remonta al siglo XIII, aunque bebe de distintas épocas y estilos. Fue uno de los conventos más importantes de su orden y es el inmueble más grande de toda la Diócesis conquense. Su interior alberga una iglesia de proporciones catedralicias, una auténtica joya del barroco obra de José de Arroyo con magníficas pinturas, tallas y capilllas.
En su interior hay tres museos diferentes.
El de Arte Sacro contiene valiosas piezas de orfebrería y hasta un manto de estilo filipino del siglo XVIII.
El Etnográfico es muy recomendable si se viaja con niños por lo ilustrativo de sus piezas testigos de los oficios del pasado. Destacan por su originalidad la antigua escuela y el cine.
El Museo de Arte Contemporáneo 'Florencio de la Fuente’ que en la hermosa estancia de la antigua sala capitular contiene obras de Picasso, Dalí, Guayasamín, Rueda y Matheu. En las inmediaciones de la Merced está el Museo de la Fragua, dedicado al arte de los herreros.
