Pinilla de Molina está situada en un valle por el cual discurre el río Bullones, nacido en esta misma depresión geológica, un poco más arriba del emplazamiento de este lugar.
Sus casas se alzan en una suave solana originada por los materiales de deyección de dos barrancos: el de la Conejera y el Goyinzo; entre ambos barrancos se encuentra la denominada piedra del Castillo que parece tener la misión de vigilar y proteger al pueblo que ha nacido en sus faldas. Desde lo alto de esta roca se ve serpentear la carretera que pasa junto a esta localidad y que enlaza Molina con Checa. Siguiendo el mismo trazado que la carretera discurre el río Bullones que proseguirá su avance junto a ella durante unos 10 Km. aproximadamente; después divergirán y el ahora riachuelo ira creciendo un poco más para desembocar en el río Gallo.
La Iglesia parroquial, que tiene como titular a San Juan Bautista, también ha sufrido distintas ampliaciones a lo largo de los siglos para acomodarse a las necesidades del culto debido al aumento de la población de la localidad. Actualmente su planta, dirigida hacia el oriente, parece ser de tipo carmelitano, de una sola nave con dos pequeños retablos gemelos en los laterales, en honor de san Antonio y la Virgen del Rosario; y un retablo mayor tipo cascarón que se acopla a la totalidad del testero. A la Iglesia se accede, tras ascender dos escalones, por una puerta de arco de medio punto dovelado. La torre se dirige al poniente y remata con una espadaña de dos vanos, en cada uno de ellos hay alojada una campana.
