En su origen fue un yacimiento de la Edad de Bronce perteneciente a la Cultura de Motillas. En este lugar estuvo el primitivo pueblo de Munera pero por las inundaciones de los ríos se decidió cambiar el emplazamiento de la villa que actual.
En la actualidad, el castillo es el único yacimiento que está siendo excavado y reconstruido a la vista de cualquiera que pase a visitarlo. Tras diversas campañas, pueden verse la Torre del Homenaje, el muro Barbacana o el Paseo de Ronda de la etapa medieval y el Foso, silos y diversos morteros de la Edad de Bronce.
La cerámica es muy variada y las monedas allí encontradas van desde los romanos hasta los árabes. Con frecuencia en las últimas excavaciones se encuentran restos humanos. A primeros de siglo apareció una tumba de piedras labradas y cubierta de losa que contenía el esqueleto de un toro.
Al pie del castillo y en lo que hace años fue Munera, tenemos el paraje conocido como Los Casares. Actualmente también se encuentran en proceso de excavación y aún no se ha determinado si las ruinas que se ven pertenecen a la Primitiva Iglesia de Santa Quiteria (que desapareció) o si son una prolongación del castillo.
También de la primera etapa de Munera es una fuente situada cerca del Vaho (lugar dónde se unen los ríos Quintanar y Ojuelo, formando el Córcoles). Dicha fuente tiene una columna adosada a la parte trasera. Dos trozos más están como sosteniendo la boca de la bóveda que cubre la misma fuente.
También en las inmediaciones han aparecido caminos empedrados que según algunos expertos pueden ser calzadas romanas que comunicaban estas tierras con Libisosa y que pertenecerían a la Vía 31 del Itinerario de Antonino. Incluso algunos estudiosos (como G. Arias) sitúan en Munera el poblado romano de Caput Fluminis Anae.
