Edificado con ladrillo y cajeado de mampostería y tapial.
La iglesia destaca como elemento principal del conjunto arquitectónico: tiene planta de cruz latina con la cabecera poligonal, que marcará mucho más sus rasgos manieristas, acentuándose en el ábside que se cubre por una inmensa venera. En el crucero destacan los lienzos con pinturas de San Juan Bautista, San Juan Evangelista, San Diego y San José, un programa iconográfico que responde a la onomástica de los fundadores.
La nave dividida en dos tramos, se cubre por bóveda de cañón con arcos fajones y lunetos; el primer tramo se decora con el escudo de la Orden y debajo aparece la fecha de 1597, fecha d edinalización de la Iglesia. Las capillas de poca profundidad, se abren entre las pilastras toscanas que componen el muro
Del exterior merece la pena destacar la portada de acceso. Consta de dos cuerpos; el primero, edificado en el siglo XVI, está formado por un sencillo arco de medio punto que configura un falso alfiz. El segundo cuerpo se construye en el siglo XVIII, cuando el Conde de Valdeparaíso es nombrado patrono del convento, por lo que dona una cantidad de dinero para el reparo de la iglesia y la construcción de su retablo mayor, está decorado con el bellísimo escudo de los Condes de Valdeparaiso
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